Fue el mayor de los hijos de Paul Bruhns, un laudista profesional de la corte ducal en Gottorf y del concejo de la ciudad de Lübeck, que se convirtió en organista en Schwabstedt, posiblemente después de estudiar con Franz Tunder.

En 1682 sucedió a Nicolaus Adam Strungk a cargo de la Hamburger Ratsmusik, más tarde también asumió el cargo de la Catedral de Santa María y así dirigió música para la catedral y el concejo de la ciudad de Hamburgo; se publicaron dos arias suyas (Hamburgo, 1692 y 1693); "Satanas und sein Getümmel", anteriormente atribuida a Böhm, también es probablemente suya. Los dos hermanos de Friedrich Nicolaus escogieron carreras musicales diferentes.

En la práctica, fue sucedido por Johann Mattheson en 1715, pero aún ocupó formalmente los cargos hasta su muerte en 1718 a la edad de 81 años. Haendel se unió a la orquesta de ópera durante la época de Bruhns. 

Tanto la “Pasión de Juan” (1702) como la “Pasión de Marcos” (1705) fueron durante mucho tiempo atribuidas a Reinhard Keizer. La "Markus-Passion" también se atribuye a Gottfried Keiser, el padre de Reinhard. Bach interpretó la "Markus-Passion" en Weimar y en Leipzig. Sobreviven varias versiones pasticcio de "Markus-Passion", pero la copia de Bach conservó el original. La atribución más antigua a Keizer se encuentra en la copia de Bach. Su sobrino Nicolaus Bruhns, hijo de su hermano menor, Paul, fue también un destacado compositor